De veehouderij veroorzaakt 11 procent van de gezondheidseffecten door binnenlandse luchtverontreiniging. Veehouderijen stoten rechtstreeks fijn stof uit (primair fijn stof), vooral pluimveebedrijven. Het gaat vooral om huid-, mest-, voer- en strooiseldeeltjes. Mensen die in de buurt wonen kunnen daar last van hebben. 

Om de uitstoot van ammoniak, fijnstof en geuroverlast tegen te gaan, zijn verschillende afspraken gemaakt met de sector. In het Hoofdlijnenakkoord staan afspraken tussen Rijk en varkenshouderij over een warme sanering van de varkenshouderij en over de reductie van emissies uit stallen. Met de pluimveesector zijn afspraken gemaakt over de halvering van de fijnstofemissie binnen tien jaar.